D’un point de vue technique, d’après l’eIDAS, on entend par « signature électronique qualifiée » une signature électronique avancée qui est créée à l’aide d’un dispositif de création de signature électronique qualifiée, et qui repose sur un certificat qualifié de signature électronique ».
Sur le plan légal, la signature électronique qualifiée a un effet juridique équivalent à celui d’une signature manuscrite, à savoir un « effet juridique spécial ». Elle offre un niveau de garantie élevé en ce qui concerne l’identité alléguée du signataire. Dans la pratique, cela signifie que :
si la validité d’une signature électronique qualifiée est juridiquement contestée, le tribunal peut supposer que la signature est valide et que le signataire a été identifié. Ainsi, la charge initiale de la preuve incombe à la partie refusant la signature, qui doit prouver que le document n’a pas été signé par le signataire désigné. En revanche, dans le cas d’un document ou accord signé au moyen d’une signature électronique (de base) (SE) ou d’une signature électronique avancée (SEA), la charge de la preuve peut être inversée : la partie défendant la validité de la signature doit démontrer que le signataire désigné a effectivement signé le document.
De fait, l’effet juridique spécial qui est donné à une signature électronique qualifiée procure certains avantages à la partie faisant valoir la signature, principalement que le seuil de refus par le signataire peut être perçu comme étant plus élevé que si une SE/SEA avait été utilisée. Néanmoins, un tribunal doit tout de même évaluer les preuves disponibles et, par exemple, dans le cas d’une usurpation d’identité, même une SEQ peut être jugée invalide – tout comme une SE/SEA contestée peut être jugée valide même si la présomption initiale de validité ne s’appliquait pas. La qualité des preuves relatives au processus de signature est bien évidemment importante dans ce contexte, d’autant plus lorsqu’une SE/SEA est utilisée.